Przed wybudowaniem kościoła w Cudzynowicach wieś przez długi czas należała prawdopodobnie do parafii Skalbmierz.
Według ustnego przekazu pierwszy kościół w Cudzynowicach został wybudowany na wzgórzu zwanym obecnie Kocim Zamkiem, leżącym między drogą skalbmierską (ul. Topolska) a drogą krakowską. Na jego temat brak jest źródłowych informacji. Kościół ten został wybudowany przed 1326 rokiem – niewielki, drewniany, jak większość kościołów budowanych w tym czasie. Pierwsza wzmianka pisana o wsi i kościele pochodzi z dokumentu z 1326 r. określającego wysokość podatku na rzecz Watykanu – „świętopietrza”.
Pierwsze skąpe informacje, które podają trochę szczegółów o kościele i jego wyposażeniu pochodzą dopiero z dokumentu wizytacji kościelnej z 1598 roku. Wizytowany kościół pw. Wszystkich Świętych był drewniany, niekonsekrowany po odbudowaniu, ściany były częściowo ze starego a częściowo z nowego drewna, miał dwa drewniane ołtarze, z których jeden jako główny był większy. Posiadał wieżę a w niej sygnaturkę, strop prosty podbity deskami, ściany czyste, dach w stanie zadowalającym. Przy kościele była również dzwonnica a w niej dwa dzwony.
Być może przeniesiono kościół ze wzgórza Koci Zamek bliżej dworu Ślizów-Czudzinowskich,
na obecne miejsce, wymieniono spróchniałe elementy drewniane i stąd część nowego drewna w jego ścianach. Ten szesnastowieczny opis kościoła, w połączeniu z innymi, skąpymi oraz niedokładnymi opisami z XVII i XVIII wieku wskazuje, że kościół ten stał już na placu, na którym posadowiony jest kościół obecny.
Stary kościół funkcjonował jeszcze do początku XVII wieku. Ząb czasu nadwyrężył znacznie jego dach i ściany. Zmieniły się na gorsze warunku ekonomiczne mieszkańców wsi i parafia nie dawała odpowiednich dochodów, na co być może miały wpływ również nastroje reformacyjne wśród parafian.
W tej sytuacji, w roku 1608 ks. bp Piotr Tomicki przyłączył parafię cudzynowską do parafii Kazimierza Wielka, a w 1610 roku polecił zamknąć kościół, nakazując jednocześnie jej proboszczowi, by w Cudzynowicach utrzymywał wikarego.
W dokumencie kościelnym z 1634 r. jest wzmianka, że kościół w Cudzynowicach jest odbudowywany. (…) Dokument z 1727 roku stwierdza, że w kościele są trzy ołtarze, ambona, jeden konfesjonał, strop i podłoga drewniana, ławki proste, ciemna drewniana zakrystia, chór stary o prostej formie, trzynaście obrazów malowanych na płótnie, srebrny krzyż, dwie mosiężne lampy i naczynia liturgiczne.
Taka sytuacja trwała do 1757 roku, kiedy do ówczesna właścicielka Cudzynowic, Teresa z Morsztynów Ossolińska, kasztelanowa sandomierska, postanowiła wybudować tu nowy kościół. Tego samego roku stara świątynia została rozebrana i na jej miejscu zaczęto budowę nowego, większego kościoła, istniejącego do dziś.
20 czerwca 1762 roku nowy kościół został konsekrowany przez księcia Ignacego Kajetana Sołtyka, biskupa krakowskiego. Ofiarował on srebrną, pozłacaną, barokową monstrancję, relikwiarz zawierający kawałek drzewa z Krzyża Świętego oraz relikwie św. Antoniego Padewskiego. Jako rocznicę poświęcenia kościoła książę biskup Sołtyk wyznaczył pierwszą niedzielę po św. Antonim (po 13 czerwca). Z tej okazji odbywa się w tę niedzielę parafialny odpust.
Źródło: Stefan Czuba, Cudzynowice 1326-2001, Gdynia, 2003